农业农村部沼气科学研究所（Biogas Research Institute, Ministry of Agriculture and Rural Affairs）于1979年经国务院批准成立，是中国唯一专业从事沼气科学研究的国家级科研机构，1997年划归中国农业科学院管理。研究所主要开展以厌氧发酵为手段的，农村可再生能源以及农村能源与农村环境治理、农业生态修复交叉领域的基础和应用基础研究、前沿理论研究、重大关键共性技术研究等公益性科研工作，以及相应的技术推广与培训工作。研究所科研体系健全、平台条件完善、人才实力雄厚、行业地位凸出、国际影响广泛，是中国沼气事业发展不可替代的中坚力量。
科研体系健全，建设有能源微生物、秸秆资源化利用、畜禽粪污能源化利用与污染控制、生物质发酵产品质量与安全风险评估、乡村人居环境污染治理、农村生物质能源与人居环境发展战略与政策六支创新团队，研究覆盖能源微生物收集和保藏、沼气发酵微生物机理、发酵工艺技术、发酵装置与设备、发酵产品净化与利用、农村生物质能源和乡村人居环境发展战略与政策分析等全产业链的研究，形成了高浓度畜禽粪污处理与资源化利用技术和蛋白生物降解技术等一批核心技术，首创国内多个不同类型的大型沼气工程。
平台条件完善，拥有联合国粮农组织（FAO）沼气技术研究培训参考中心、科技部沼气技术国际科技合作基地、农业农村部农村可再生能源开发利用重点实验室等各类平台16个。此外，研究所还编辑出版业内最重要的学术交流刊物《中国沼气》，举办农村沼气行业最有影响力网站“中国沼气网”，建设世界先进、国内规模最大的厌氧微生物菌种资源保藏库—中国厌氧微生物菌种保藏管理中心（CCAM）。
人才实力雄厚，全所在职职工111人，其中科研人员80人（博士24人，硕士42人），中级及以上专业技术人员78人（研究员14人、副高级职称29人），在读研究生58人，在站博士后3人。研究所有全国农业科研杰出人才2人，四川省青年拔尖人才1人，四川省学术与技术带头人后备人选3人，“农科英才”各类人选10人，是一支理论基础扎实、科研经验丰富、创新能力雄厚的科研队伍。
行业地位凸出，始终立足国家农业绿色发展、粮食安全等“三农”发展任务需要，围绕农村人居环境整治、厕所革命、畜禽养殖废弃物资源化利用、生物天然气开发、秸秆综合利用等重点工作，主动承担国家863、973、重大专项、科技支撑和国家自然科学基金等公益性科研项目100余项，取得专利授权200余项，发表各类科研论文600余篇，制修订国家和行业标准45项，获得国家科技进步二等奖2项、三等奖2项，四川省和农业部科技进步一等奖4项、二等奖6项，是沼气行业科技发展的先锋与枢纽。
国际影响广泛，先后接待外国首脑、专家、学者考察和访问570余人次，与美国、德国、丹麦等80多个国家的沼气研究机构开展学术交流与技术合作。截至2019年，研究所承担联合国粮农组织、联合国开发计划署、联合国工业与发展组织以及中国商务部、科技部和农业农村部援外培训项目130期，共计培训120多个国家3000余名外籍学员，极大地促进中国与发展中国家的友谊，为响应“一带一路”倡议、推进农业科技“走出去”作出积极贡献。
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